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Biologia e Biologia molecolare

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Applied Biology and Molecular Biology

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Anno accademico 2018/2019

Codice dell'attività didattica
SCH0766
Docenti
Prof. Adriano Ceccarelli (Docente Responsabile del Corso Integrato)
Prof. Daniela Taverna (Docente Titolare dell'insegnamento)
Corso di studi
[f007-c502] laurea a ciclo unico in odontoiatria e protesi dentaria - a torino
Anno
1° anno
Tipologia
Di base
Crediti/Valenza
14
SSD dell'attività didattica
BIO/11 - biologia molecolare
BIO/13 - biologia applicata
Modalità di erogazione
Mista
Lingua di insegnamento
Italiano
Modalità di frequenza
Obbligatoria
Tipologia d'esame
Scritto ed Orale
Prerequisiti
Sono necessarie conoscenza delle nozioni basilari sulla struttura della cellula e delle principali macromolecole di interesse biologico e le nozioni di base di chimica generale, inorganica, organica e biochimica
Knowledge of basic cell structure and of macromolecules of biological interest and essential knowledge in basic, inorganic and organic chemistry as well as biochemistry are required
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Sommario insegnamento

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Obiettivi formativi

Lo scopo del corso è quello di fornire allo studente la consapevolezza che le caratteristiche di un metazoo derivano dalla combinazione delle caratteristiche e delle funzioni delle singole cellule che lo compongono, e che qualsiasi patologia a carico di organi o distretti è riconducibile al malfunzionamento di gruppi di cellule che ne fanno parte. Inoltre lo studente dovrà acquisire concrete conoscenze della struttura e dei meccanismi molecolari alla base del funzionamento e della regolazione dei geni dei procarioti e  eucarioti (in dettaglio) e dovrà sapere collegare le le tecnologie molecolari di base e la manipolazione dei geni alle evidenze sperimentali ed ai possibili sviluppi tecnologici.

Applied and Molecular Biology is a basic course. Its purpose is to make Dentistry students master the structure and functions of cellular components, genetic regulation and mechanisms of cell homeostasis, with a focus on the trends of the science and its applications in the development of new technology. Students will learn the theoretical basics of molecular biology techniques to investigate and manipulate genes with the goal to form a dental medical doctor that could, one day, take advantage of modern molecular approaches to cure patients. This knowledge will provide a solid foundation for studying other related courses (basic and clinical)

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Risultati dell'apprendimento attesi

Lo studente, al termine del corso, dovrà dimostrare conoscenze e capacità di comprensione in merito a:

  • organizzazione strutturale e funzionale di cellule procariotiche ed eucariotiche
  • concetto di vita come capacità di sfruttare il flusso spontaneo di energia per costruire strutture ordinate ed organizzate capaci di riprodursi e di interagire fra loro
  • funzionamento dei principali distretti cellulari e loro interazioni funzionali
  • basi molecolari dei principali meccanismi cellulari che mediano sia la morfogenesi in generale sia in particolare la formazione delle strutture del cavo orale e dell'apparato dentale.
  • principi del funzionamento della tecnologia del DNA ricombinante e delle principali metodiche di analisi molecolare

At the end of the course the student is expected to have the ability to:

•Understand cell structures, the functional activities of cells and the link between structure and function

•Explain why all pathologies result ultimately from dysfunctions in cellular activities. 

•Describe the effects of growth, development, and aging on cells

•interpret cell morpho-functional abnormalities in various diseases

understand the basis of  recombinant DNA technology and methods for molecular biology analysis

•critically interpret the scientific data present in the scientific literature

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Modalità di insegnamento

Il corso (14 cfu) prevede sia lezioni frontali tenute dal docente sia insegnamento a distanze sotto forma di materiale disponibile su web e/o assegnazione di compiti individuali. La verifica formativa della avvenuta somministrazione della didattica a distanza avrà luogo in incontri periodici con gli studenti con esercizi di problem solving, valutazione fra pari e discussioni specifiche. 

This course is delivered as a blended course including traditional lecturing/flipped classroom methods followed by problem solving session.. As for the flipped classroom, representing a radical innovative change in teaching methodology, students gain first exposure to new material outside of class, usually via reading or lecture videos, and then class time is used to focus on that knowledge through strategies such as collaborative and peer learning, problem-solving, discussion or debates.  The key purpose of the flipped classroom is to engage students in active learning where there is a greater focus on students' application of conceptual knowledge rather than factual recall. This will be the first step on the way to a complete conversion of the course to this teaching modality in the following 1-2 academic years depending on the problems and the success rate experienced during the teaching

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Modalità di verifica dell'apprendimento

Il programma d'esame coincide con il programma del corso.

La verifica è sia di tipo formativo sia di tipo valutativo.

Verifica di tipo formativo

Verrà usata per fornire in modo immediato un feedback utile a correggere eventuali difetti delle modalità di insegnamento ed apprendimento e per migliorare la performance degli studenti nel raggiungimento degli obbiettivi di apprendimento.

La verifica formativa è indispensabile per avere accesso alla verifica di profitto

Verifica di tipo valutativo

L'apprendimento viene verificato alla fine del II semestre di lezioni con un esame scritto comprendente diverse tipologie di domande scelte a caso fra  scelta multipla, vero/falso, corrispondenza, completamento, trascinamento su immagine, domande aperte e problemi.

Se sufficiente, il voto conseguito allo scritto viene rimesso in discussione durante l'esame orale, oppure accettato e registrato qualora ritenuto soddisfacente sia da parte dello studente sia da parte del docente. 

Saranno eseguiti tests sia per il modulo di biologia Appplicata sia per il modulo Biologia Molecolare

Formative Assessment 

Formative assessment will be used to provide the immediate, explicite feedback to adjust ongoing teaching and learning to improve students' achievement of intended instructional outcomes during  the flipped classromm sessions. Formative assessment is a method of continually evaluating students' academic needs within the classroom. It includes self- and peer-assessment and is not used in the formal grading process

Summative assessment

Summative assessment includes end-of-course tests exams created with some randomly chosen among the following formats: multiple choice, true/false, matching, drag and drop onto image, fill in the blank, extended written response and performance assessment. There will be a test for Applied Biology and a test for Molecular Biology

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Attività di supporto

Esercizi da risolvere individualmente (problem solving) da consegnare a date stabilite.

Exercises to solve individually (problem solving) to be given in at fixed and planned dates.

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Programma

  1. La cellula

 1.1. La cellula come unità

1.2. Proprietà fondamentali delle cellule

1.3. Architettura cellulare

 2. Cenni di struttura delle biomolecole

 2.1. Generalità

2.2. Lipidi

2.3. Polisaccaridi

2.4. Proteine

2.5. Acidi nucleici

 3. Le reazioni chimiche della cellula 

3.1. accoppiamento delle reazioni eso- ed endoergoniche

3.2. catalisi, energia di attivazione

3.3. gli enzimi, meccanismi di catalisi enzimatica

 4. Il movimento di soluti attraverso alle membrane

 4.1. aspetti generali

4.2. classificazione dei tipi di trasporto

4.3. canali ionici e permeasi

4.4. i trasportatori attivi ed i cotrasportatori

4.5. il trasporto di macromolecole

 5. L'energia nella cellula 

5.1. la conversione di energia

5.2. la sintesi di ATP

5.3. rapporti fra struttura e funzione dei mitocondri

 6. L'informazione genetica 

6.1. DNA:struttura dei cromosomi, cromatina, complessità del genoma, Tm e curve di riassociazione

6.2.1 DNA: sintesi, replicazione e riparazione. Le mutazioni genetiche

6.2.2  Dai geni ai genomi: il progetto genoma umano, next generation sequencing.

6.3. RNA: trascrizione e controllo trascrizionale in procarioti. Il Lac Operon

6.4.1 RNA trascrizione e controllo trascrizionale in eucarioti. I fattori di trascrizione.

6.4.2 controllo epigenetico dell'identità cellulare.

6.4.3 Regolazione post-trascrizionale dell'espressione genica negli eucarioti superiori. RNA interference/microRNA

 

6.5. La sintesi proteica

 7. Il traffico intracellulare

 7.1. Secrezione di proteine in procarioti

7.2.     Smistamento di proteine neosintetizzate in eucarioti

 8. Il citoscheletro e la motilità 

8.1. Microtubuli

8.2. filamenti intermedi

8.3. microfilamenti

8.4. contrazione muscolare

 9. La proliferazione cellulare 

9.1. il ciclo cellulare

9.2. controllo del ciclo cellulare

9.3. la mitosi

9.4. la meiosi

9.5. cenni di genetica mendeliana

9.6 Strategie per l'identificazione e la caratterizzazione di geni umani implicati in patologie mendeliane.

 10. La trasduzione del segnale

 10.1.           Introduzione

10.2.           recettori multipasso

10.3.           recettori citoplasmatici e nucleari

10.4.           recettori tirosino chinasici

 11. L'adesione cellulare

 11.1.           Generalità

11.2.           interazioni cellula-cellula

 11.2.1.              principali tipi di proteine di adesione

11.2.2.              modalità particolari di adesione fra cellule

 11.3.           interazioni cellula matrice

 11.3.1.              caratteristiche della matrice extracellulare

11.3.2.              interazioni fra cellule e proteine della matrice

12 Tecnologie del DNA ricombinante

-Endonucleasi di restrizione

-Clonaggio e Costruzione di VETTORI ricombinanti

-PCR, RT-PCR/real time PCR e applicazioni della PCR

-Separazione di Acidi nucleici e proteine con elettroforesi

-Ibridazione degli acidi nucleici: Southern blot, Northern blot, in situ

-Sequenziamento del DNA con il Metodo di Sanger

-Costruzione di librerie di DNA:  genomiche e di  cDNA

-Analisi di librerie

-Trasferimento di geni (vettori ricombinanti) in cellule procariotiche e eucarioti

-Sistemi dell'espressione genica 

-Proteine ricombinanti

-Arrays di acidi nucleici (microarray)

13 Animali  transgenici e knock out come modelli per lo studio della funzione genica e delle malattie umane

14 Terapia genica e altre applicazioni mediche di biologia molecolare 

 

 

 

The cell

The cell theory. The cell as fundamental unit of all living organisms

Properties and features of eukaryotic and prokaryotic cells

The Cell internal architecture

Introduction to the structure of most important biomolecules

Lipids

proteins

nucleic acids

polysaccarides

The cell as a chemical factory

endo- and exoergonic coupling of chemical reactions

Activation energy and catalysis

Mechanisms of enzymatic catalysis

Movement of solutes across cell membrane

general aspects

Classificiation of the main types of transport

Ion channels and permeases

Active (enzymatic) transporters and co-transporters

Movement of macromolecules

How the cell converts and stores energy

Energy conversion

ATP synthesis

Structure/function relationship in mitochondria

Genetic information

DNA: structure of chromosomes. The Chromatin.

 From genes to genome: the human genome project, next generation sequencing

Concept of melting temperature and the study of genome complexity

The synthesis of DNA: DNA replication and DNA repair

Genetic mutations

RNA: Transcription and transcriptional control in prokaryotes. The Lac operon. The triptophane operon.

RNA: transcription and transcriptional control in eukaryotes. Initiation complex, types of RNA polymerase. Basal factors involved in the initiation of transcription. Transcription factors. Epigenetic control of cell identity.

Post trancriptional control of gene expression in higher eukaryotes. RNA interference/microRNA

The synthesis of proteins

the ribosome, the tRNA and the genetic code. aa-tRNA synthetases. Initiation of protein sythesysis. The elongation process. Polyribosomes

Trafficing of newly synthesized proteins.

Protein secretion in prokaryptes Co- and post-translational trafficing in eukaryotes..

The cytoskeleton

microtubules: structure, mechanisms of assembly and disassembly

intermediate filaments

actin microfilaments: structure, mechanisms of assembly and disassembly. Actin regulatory proteins

Cell proliferation

The cell cycle and its control

mitosis

meiosis

introduction to mendelian and population genetics

 Strategies for the identification and characterization of human genes implicated in mendelian genetic diseases.

 

SIgnal transduction

introduction

intracellular receptors

G_protein coupled receptors

tyrosin kinase receptors

conveying the signal from internal side of the cell membrane to final targets

Cell adhesion

introduction

cell-to-cell interactions

adhesion proteins and specialised structures for cell-to-cell adhesion 

cell-to-matrix interactions 

the extracellular matrix and its interactions with cells 

Recombinant DNA technologies

-Restriction Endonucleases

-Cloning and construction of recombinant VECTORS

-PCR, RT-PCR / real time and PCR applications 

-Nucleic acid and protein separation  by electrophoresis

-Nucleic acid Hybridization: Southern blot, Northern blot, in situ

-DNA sequncing with the Sanger method 

-Construction of DNA libraries: genomic and cDNA libraries

-Analysis of libraries

-Transfer of genes (recombinant vectors) in prokaryotic and eukaryotic cells

-Gene expression Systems

-Recombinant  proteins

-Nucleic acid arrays (microarray)

Transgenic and knock out animals as models to study gene function and human genetic diseases

Gene therapy and other medical applications of molecular biology techniques

During the course 3 topics of relevant scientific interest will be identified and proposed to the class as flipped classroom teaching. The students will be exposed to the scientific material during individual activities and will then work in small groups (4-5 people) during the in-class sessions. The teacher will have the role of facilitating the learning through problem solving and peer-to-peer assessment and discussions.

 

Testi consigliati e bibliografia

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Gli studenti sono aiutati nella preparazione dalla disponibilità del materiale sotto forma di sito web mantenuto dal docente, e sul quale sono forniti riferimenti bibliografici per la letteratura scientifica.

ALBERTS Bruce , BRAY Dennis , HOPKIN Karen , JOHNSON Alexander , LEWIS Julian, RAFF Martin , ROBERTS Keith , WALTER Peter

BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA  Ed. 2013 Zanichelli

ALBERTS Bruce , BRAY Dennis , HOPKIN Karen , JOHNSON Alexander , LEWIS Julian, RAFF Martin , ROBERTS Keith , WALTER Peter

L'ESSENZIALE DI BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA Ed Zanichelli 2015

Becker IL MONDO DELLA CELLULA Pearson Ed. 8 Edizione 2012

Fondamenti di Biologia Molecolare, LA Allison, 1st edition, Zanichelli, versione Italiana

-Better: Molecular Biology, LA Allison, 2nd edition, WILEY, English.



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Note

Per l'a.a. 2017/2018 l'insegnamento di Biologia molecolare viene erogato nel secondo semestre insieme agli studenti del 1° anno di corso.

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Moduli didattici

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Ultimo aggiornamento: 16/05/2018 14:42
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